故事的主人公韦小宝(李小飞 饰),一个刁钻聪敏的年轻人,他从小跟随母亲居住在扬州妓院。他因为帮助天地会抵抗清兵而闯下了大祸,被老太监私自带入宫中并冒充小太监。在宫中,韦小宝与少年皇帝康熙(周绍栋 饰)成了亲密无间的朋友,两人之间有着深厚的友情。他们联手打击了宫中的奸臣,帮助康熙消灭了成宫中的红人。
然而,韦小宝的生活变得更加复杂。他误打误撞成为了天地会总舵主的弟子,并被要求刺杀康熙,这让他感到左右为难。韦小宝无意中发现神龙教的计划,他们派遣人冒充太后潜伏在宫中多年,企图盗取大清的命脉——藏宝图。真正的太后则被囚禁。康熙与韦小宝联手,冒险救出了太后。