圣经里的秘密由中央电视台电影频道节目中心出品，主要介绍了1982年春，江州市检察院检察长方钊接到组织上的通知，出任江州市人大主任。江州市现任人大谭主任是方钊的老上级，也是战争年代功勋卓着的革命军人，1948年解放江州前夕，从事我党地下工作的方钊就对知识型智勇双全的谭指挥官十分的钦佩。江州解放后，谭主任一手组建了江州市的检察机构，培养了大批干部，方钊就是其中一个。
如今，方钊又要接替老上级的位置出任市人大主任，时值中央下发关于复查和纠正冤假错案的文件，方钊决定在临走之前再查一查曹飞的案子，别留下什么遗憾。曹飞的案子当年是方钊负责审理、现任市人大谭主任在检察院工作时定论的案子。1952年秋，检察院以曹飞在江州解放前夕投敌叛变出卖同志为名，对曹飞予以批捕。
1948年江州解放前夕，方钊也是从事地下党工作，方钊暴露后组织决定由曹飞接替方钊的工作，曹飞公开的身份是国民党江州警备司令部副官。在曹飞无数份申诉书面前，方钊隐隐感觉当年定论的案子可能存在冤假，曹飞不可能投敌叛变。方钊顶住来自市人大谭主任的压力，开始复查曹飞的案子。
三十多年前的往事在眼前浮现，揭开曹飞投敌叛变之迷的关键，在于弄清楚当年曹飞的上级直接领导李子豪。江州解放前夕，李子豪以福音诊所为掩护，在联络员陈韵梅的协助下做江州解放前的准备工作。遗憾的是，李子豪没能看到江州解放就光荣牺牲。揭开曹飞叛变投敌的线索，全部集中在李子豪当时的助手、曹飞的爱人陈韵梅的身上。
隔阂和误解在真诚中逐渐化解。在陈韵梅的回忆下，李子豪牺牲前经常翻阅的一部中文版圣经成了揭开谜底所在。事隔三十多年，从当年福音诊所、现为市人大资料楼的一根多余的柱子下找出那本圣经，曹飞投敌叛变的谜底从此揭晓。原来，曹飞为获取敌人破坏江州大坝的行动计划被捕，李子豪为营救曹飞，同时完成情报转移任务，不惜牺牲自己和儿子。圣经上的秘密还曹飞以清白，曾经患难与共的战友紧紧地拥抱在一起。
